Marknadsdomstolens verksamhet regleras i marknadsdomstolslagen (28.12.2001/1527). Lagen trädde i kraft 1.3.2002, då marknadsdomstolen inledde sin verksamhet. Domstolen behandlar ärenden som gäller konkurrensbegränsningar och offentlig upphandling och andra marknadsrättsliga ärenden.
Marknadsdomstolen tillämpar förvaltningsprocesslagen när den behandlar ärenden om konkurrensbegränsning och upphandling. Ändring i dessa beslut kan sökas hos högsta förvaltningsdomstolen på samma sätt som tidigare i konkurrensrådets beslut.